舰队迅速派出一艘飞船，前往神秘遗迹取回了蕴含巨大能量的球体。科学家们按照之前在遗迹中得到的启示，开始尝试激活球体的力量。经过一番紧张的操作，球体终于发出了耀眼的光芒，一股强大而纯净的能量弥漫开来。

“将球体的能量接入舰队的武器系统！”凌轩喊道。

随着球体能量的接入，舰队的武器威力大增。一道强大的能量光束从旗舰射出，直接击中了黑暗建筑的核心部位。黑暗建筑开始剧烈摇晃，周围的黑暗生物也纷纷受到影响，力量大幅削弱。

“胜利就在眼前，大家再加把劲！”艾丽西亚鼓舞着船员们的士气。

在球体能量的帮助下，舰队终于突破了黑暗生物的防线，摧毁了黑暗建筑。随着黑暗建筑的倒塌，黑暗源域中的黑暗能量开始迅速消散，黑暗生物也逐渐失去了力量，纷纷消失不见。

舰队取得了一场艰难的胜利，但他们并没有放松警惕。凌轩和艾丽西亚知道，黑暗生物的源头可能还隐藏在更深的地方，而且他们还需要解决黑暗能量对宇宙的潜在威胁。

在接下来的日子里，舰队对黑暗源域进行了全面的清理和研究。他们发现，黑暗源域中存在着一些古老的遗迹，这些遗迹似乎与宇宙的早期历史有着密切的关系。通过对遗迹的研究，舰队逐渐揭开了黑暗生物的起源之谜。

原来，黑暗生物是在宇宙的一次失衡中诞生的。它们原本是宇宙中一些被扭曲的能量和物质，在黑暗力量的影响下，逐渐形成了具有意识和攻击性的生物。而黑暗源域，正是这个失衡的核心区域。

为了彻底解决黑暗生物的问题，舰队决定利用球体的能量，对黑暗源域进行一次全面的净化。在经过精心的准备后，舰队再次启动球体，将强大的净化能量注入黑暗源域。随着净化能量的扩散，黑暗源域中的黑暗能量被逐渐清除，空间也开始恢复正常。

经过漫长的努力，黑暗源域终于被净化成功。舰队完成了一项伟大的使命，他们不仅战胜了黑暗生物，还拯救了这片宇宙区域。凌轩和艾丽西亚站在旗舰的指挥台上，看着眼前恢复平静的宇宙，心中充满了感慨。

“我们做到了，”凌轩说道，“但这只是宇宙探索中的一个阶段，未来还有更多的奥秘等待我们去揭开。”

艾丽西亚微笑着点头，说道：“没错，我们的旅程还在继续。”

舰队带着胜利的喜悦和对未来的期待，离开了黑暗源域。他们继续在这片未知的宇宙中航行，探索着宇宙的奥秘，寻找着新的文明和挑战。他们的故事，将成为宇宙中一段传奇，激励着无数后来者继续踏上探索宇宙的征程。