然而，就在舰队逐渐适应这个新宇宙，准备继续探索时，一个新的危机悄然降临。监测系统再次发出警报，这次是在基地的另一侧，出现了一股强大的能量波动，似乎有一股神秘的力量正在靠近。

古老文明的领导者脸色变得十分凝重，他说道：“看来那些邪恶势力已经察觉到了你们的到来，他们可能是冲着你们来的。”

凌轩和艾丽西亚立刻回到舰队，指挥全体船员进入战斗状态。舰队迅速起飞，与古老文明的防御力量一起，严阵以待，准备迎接即将到来的挑战。

随着那股神秘力量越来越近，舰队终于看清了对方的真面目。原来是一群由黑暗能量构成的生物，它们的外形狰狞恐怖，所到之处空间都仿佛被扭曲。这些黑暗生物发出阵阵咆哮，向着舰队和基地发起了猛烈的攻击。

“开火！”凌轩果断下令。

舰队和古老文明的防御力量同时开火，各种能量光束和导弹向着黑暗生物射去。黑暗生物虽然强大，但舰队和古老文明的联合防御也十分坚固。双方展开了激烈的交火，能量的光芒在太空中闪烁，爆炸声震耳欲聋。

在战斗中，舰队发现这些黑暗生物对普通的能量攻击有着很强的抵抗力，但对他们新学到的利用这个宇宙独特能量的武器却比较敏感。于是，舰队迅速调整战术，集中火力使用新武器攻击黑暗生物。

经过一番激烈的战斗，黑暗生物终于被击退。但舰队和古老文明也遭受了一定的损失。凌轩和艾丽西亚知道，这只是一个开始，未来还会有更多的挑战等待着他们。他们与古老文明的领导者再次商讨对策，决定加强合作，共同探索这个宇宙，寻找应对各种危机的方法。

在接下来的日子里，舰队一边修复受损的飞船，一边与古老文明一起建立更强大的防御体系。他们还继续派遣探测飞船，对这个宇宙区域进行更深入的探索，希望能找到更多关于宇宙奥秘和应对危机的线索。

随着探索的深入，舰队发现了一些神秘的遗迹，这些遗迹似乎与这个宇宙的起源和那些危险的势力有着密切的关系。凌轩和艾丽西亚决定带领一支探险队，前往这些遗迹进行考察。他们知道，这将是一次充满危险的旅程，但为了揭开宇宙的奥秘，保护两个宇宙的和平，他们义无反顾地踏上了征程。在这片未知的宇宙中，他们的故事还在继续，更多的挑战和惊喜等待着他们去发现和应对。